剖腹产儿：
能从母亲产道获得益生菌，相反剖腹产儿由于有益菌的缺少，极易导致胃口差、挑食、偏食、厌食、便秘等现象。
非母乳喂养：
母乳中含有益生菌，牛奶喂养儿比母乳喂养儿肠道中有害菌的比例要高很多，腐败梭菌、肠杆菌的检出率高，这也从其粪便的差异性反映出来。跟踪研究发现，这种 有害菌比例较高的情况会导致孩子长大发生便秘、腹泻，远远高于母乳喂养儿。给非母乳喂养儿经常补充益生菌，就能减少非母乳喂养的不利影响。
抗生素：
主要是由于抗菌药不能识别有害菌和有益菌，它在杀死致病菌的同时，也杀死了有益菌，导致肠道菌群失调。美国的Nancu T. Williams教授于2010年明确指出，益生菌制剂与口服抗菌药联用时，应在服用抗菌药后至少2小时再服用益生菌制剂。其原因是2小时后抗菌药基本入 血，避免了抗菌药与益生菌直接接触，影响益生菌的活性。
食物过敏：
在防治食物过敏性疾病方面唯独益生菌疗法备受青睐。因为益生菌可通过分泌γ-干扰素、IL-10和TGF-β等细胞因子，以调控机体的免疫应答，恢复免疫系统的动态平衡，有效防治过敏性疾病。
发育不良：
益生菌会促进肠道内各种消化酶的产生，特别是乳糖酶，加快牛奶中主要成分乳糖的分解和吸收；同时，益生菌也能产生维生素β和维生素κ等营养物质，促进钙、铁、锌等微量元素的吸收。如果孩子体内的益生菌减少了，就可能会出现生长发育不良的状况。