通过母婴传播感染的婴儿的病毒载量峰和调定点要比成年人高，而且，出生后头两个月感染的婴儿的病毒RNA水平比出生两个月以后感染的婴儿（如哺乳传播）有更高的调定点。
很多研究人员相信，急性感染期或此后不久发生的事件能够决定临床病程。例如，如果宿主能够有较强的抗HIV细胞免疫反应，感染就可能局限在一定部位甚至可能被清除。抗体产生太晚，因此在阻止病毒传播方面不能起主要作用。
炎症的存在可能有助于病毒传播。因此人们已开始研究，感染后立即使用HAART治疗是否能够保护细胞免疫反应（如CD4+细胞增殖反应），并且使宿主能够控制感染，尤其是消化道中的记忆CD4+T细胞会被保护。
其他重要的问题如急性感染期有多少种不同的病毒传播，大量的选择性生物亚型能否影响临床病程？此外，机体免疫的哪些方面能控制病毒复制，并最终建立免疫学调定点等重要问题都在研究中。
艾滋病检测方法有高的灵敏度，就要承受高的假阳性概率，因为艾滋病抗体检测法要将更多的疑似抗原抗体反应的样本包含其中，必然就有假阳性，这也是为何抗体初筛方法灵敏度非常高，却不能做最终的诊断结论的原因。
